Mulai tahun 2009, BAZ Kota Bogor menggunakan logo baru seperti tertera di atas. Logo tersebut memberi arti :

1. Bentuk daun : daun sebagai sumber pertama yang menyerap energi matahari untuk kemudian menjadi sumber energi bagi manusia dan hewan. Hal ini menggambarkan bahwa BAZ Kota Bogor mencita-citakan ZISWAF sebagai sumber energi pertama dan utama dalam membangun kekuatan dan menyelesaikan persoalan keummatan di Kota Bogor khususnya.

2. Daun yang terikat menggambarkan pengikatan potensi-potensi umat dalam membangun kekuatan.

3. Bentuk huruf yang dinamis menggambarkan BAZ sebagai lembaga yang dinamis dan kaya inovasi dalam melakukan aktivitasnya.

4. Warna hitam menggambarkan lembaga BAZ yang solid, kokoh dan berintegritas.

5. Warna hijau pastel menggambarkan kemudaan, jiwa muda yang selalu mencita-citakan yang terbaik mewarnai semangat para aktivis BAZ Kota Bogor.